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Después de haber sido halladas las piezas del artefacto egipcio llamado El Rompecabezas del Milenio por su abuelo, Yugi gastó un largo tiempo en resolver el Rompecabezas. Cuando tuvo éxito se desencadenó un envolvente hechizo creado por el Antiguo Faraón Atem, quien selló la magia de los Juegos de las Sombras en el rompecabezas y en los otros Artículos del Milenio hace 5,000 años atrás con el objetivo de detener la victoria del malvado demonio Zorc Necrophades. El Faraón limitó el hechizo con su propio nombre y selló su propia alma en el Rompecabezas. Cuando Yugi terminó de armar El Rompecabezas del Milenio, la magia de los Juegos de las Sombras y el alma de Atem fueron liberados y Yugi se convirtió en el cuidador del espíritu de Yami Yugi.

Cuando el Faraón toma el control del cuerpo de Yugi, Yugi experimenta un brusco crecimiento, gana unas rayas amarillas adicionales en su cabello, y sus ojos adquieren una forma más confiada. Ya sea o no que la transformación ocurra en un mundo ficticio, los personajes no comentan sobre este cambio físico. La voz de Yugi, sin embargo, es conocida por cambiar, en el manga los únicos que mencionan este cambio de voz son Anzu y Seto Kaiba. En varias ocasiones, los otros personajes que poseen los Artículos del Milenio son capaces de distinguir todos estos cambios